Οι Λειψοί διαθέτουν ένα ασφαλές φυσικό λιμάνι στον ομώνυμο οικισμό, το οποίο έχει περίπου τις ίδιες διαστάσεις με το λιμάνι του Λαυρίου και είναι σχεδιασμένο να εξυπηρετεί πολλαπλάσια κίνηση από αυτήν που σήμερα παρατηρείται. Οι λιμενικές και θαλάσσιες δραστηριότητες καλύπτονται από το Λιμενικό Σταθμό Λειψών ο οποίος είναι δυνατόν να εξυπηρετήσει κινήσεις εξωτερικού.

Το λιμάνι χωρίζεται σε τρεις ζώνες :

1. Τουριστική, για υποδοχή των πλοίων της γραμμής κάθε χωρητικότητας,
2. Αλιευτικών Σκαφών και Σκαφών Αναψυχής προς υποδοχή ιδιωτικών σκαφών αναψυχής (μηχανοκίνητων και ιστιοπλοϊκών), 
3. Εμπορική, για την υποδοχή κάθε είδους εμπορικής δραστηριότητας, από τροφοδοσία ύδατος και καυσίμου, μέχρι και την υποδοχή φορτηγών πλοίων.